I lavori per la costruzione del convento e della chiesa dei Padri Cappuccini di Licodia Eubea, ebbero inizio nel 1570. Di grandi dimensioni la struttura venne fortemente compromessa durante il terremoto del 1693. Rimase un'unica ala all'impiedi dopo il sisma ancora oggi visibile, caratterizzata dalle celle di ben più piccole dimensioni rispetto a quelle ricostruite nel corso del XVIII secolo.
La chiesa, un tempo di ridotte dimensioni, probabilmente insistente sulla sola attuale area del presbiterio, venne ampliata alla fine del XVIII secolo, grazie alle elargizioni dei fedeli e del barone Angelo Aliotta.
La chiesa ricca di opere di pregevole valore, si presenta ad una sola navata. Sul presbiterio è posto il bel ciborio ligneo intarsiato del '700 tipico delle chiese cappuccine, sormontato dell'olio su tela, opera del 1676 del pittore locale Mariano Cusmano, raffigurante il Perdono di Assisi.Tra le altra opere di particolare pregio sono la statua lignea di San Francesco d'Assisi riconducibile al XVII secolo, la statua lignea dell'Assunta, e la tela raffigurante la Stigmatizzazione di San Francesco attribuibile sempre al Cusmano. La chiesa conserva ancora oggi i sepolcri delle nobili famglie Ruffo e Santapau, benefattori dei Cappuccini, oltre a quello di Camilla Santapau, ultima erede della casata catalana, che tenne il governo di Licodia per due secoli.
