La chiesa Madre, dedicata a Santa Margherita V. e M. patrona principale di Licodia Eubea, venne probabilmente fondata intorno al secolo XVI.
Nel 1584, alla morte del Canonico Martino La Russa, la chiesa viene designata erede universale e amministratrice unica del patrimonio del prelato.
Il tempio in seguito al terremoto del 1693 subisce enormi danni. I restauri venno ultimati nel 1738, anno della riconsacrazione della basilica.
Nel 1584, alla morte del Canonico Martino La Russa, la chiesa viene designata erede universale e amministratrice unica del patrimonio del prelato.
Il tempio in seguito al terremoto del 1693 subisce enormi danni. I restauri venno ultimati nel 1738, anno della riconsacrazione della basilica.
Il prospetto si eleva sopra un piano rialzato cui si accede attraverso un'amplia gradinata laterale costruita su progetto dell'architetto Antonio Astuto nel 1898. Precedentemente la sistemazione del prospetto con l'attuale gradinata, per accedere al luogo di culto, occorreva arrampicarsi su di una collinetta che non ne rendeva agevole l'accesso.
Il prospetto principale costituito da blocchi di pietra bianca, si imposta su due ordini. Il primo sottolineato da quattro lesene poste su alti basamenti vede l'apertura di due ingressi secondari ed uno principale sul quale spicca lo stemma gentilizio di Santapau. Il secondo ordine si caratterizza per un'ampia finestra con timpano spezzato.
L'imponente torre campanaria a base quadrata si erge dietro la zona del presbiterio a sinistra. Il campanile conserva cinque campane, di cui tre provenienti dalla distrutta chiesa dello Spirito Santo e della dismessa chiesa di San Benedetto e Santa Chiara. Le due campane fuse appositamente per la chiesa di Santa Margherita riportano le date del 1628, quella grande, e del 1820 la media. L'interno, a tre navate, conserva pregevoli opere. Degne di menzione sono la bella statua lignea di Giovan Battista Gallone del 1617, raffigurante Sant'Antonio Abate compatrono della città, il simulacro della patrona Santa Margherita V. e M., e le grandi tele di San Michele Arcangelo e di San Benedetto e le Sante Scolastica e Flavia del XVIII secolo di Mariano Cusmano.
